Beyin cerrahisinde de ameliyatlar hem genel hem de lokal anestezi altında yapılabilir. Ameliyatın genel yada lokal anestezi altında yapılması ameliyatın yapılacağı anatomik bölgeye, ameliyatın tekniğine, ameliyat süresine, hastanın ek hastalığı varlığına ve psikolojik durumuna bağlı olarak karar verilir.

Beyin cerrahisinde ameliyatların büyük çoğunluğu genel anestezi altında uygulanır. Beyin cerrahisinde Parkinson, distoni, esansiyel tremor gibi hareketl bozukluklarının tedavisinde, derin beyin stimülatörü (DBS, beyin pili) uygulamasında, kafa cildindeki ve kemiğindeki bazı tümörlerin tedavisinde, stereotaksik biyopsi alınmasında, bazen de beyin tümörleri cerrahisinde lokal anestezi kullanılabilir. Hastanın motor fonksiyonlarını, yaşamsal fonksiyonları ve beyinde ameliyat yapılan bölge ile ilgili fonksiyonları daha iyi takip etmede çok faydası olabilir.