1 – Acıbadem Tıp Araştırma Ödülleri: 1. lik Ödülü: 20 Ekim 2000, İstanbul: “Kaptanoğlu E, Tuncel M, Palaoğlu S, Konan A, Demirpençe E, Kılınç K: Comparison of the effects of melatonin and methylprednisolone in experimental spinal cord injury. J Neurosurgery (spine 1) 93:77-84, 2000” (Ulusal)

2 – Türk Nöroşirurji Derneği, Dr. Mahir Tevruz Bilimsel Araştırma Ödülü: Türk Nöroşirürji Derneği 15. Bilimsel Kongresi, 22-26 Mayıs, Belek Antalya, 2001: “Kaptanoğlu E, Caner HH, Sürücü S, Akbıyık F: Effect of mexiletine on lipid peroxidation and early ultrastructural findings in experimental spinal cord injury. J Neurosurgery (spine 2) 91:200- 204, 1999” (Ulusal)

3 – Tübitak ve Beyin Araştırma Derneği: Wyeth Ödülü: 31 Ekim 2001, Antalya : “Kaptanoğlu E, Tuncel M, Palaoğlu S, Konan A, Demirpençe E, Kılınç K: Comparison of the effects of melatonin and methylprednisolone in experimental spinal cord injury. J Neurosurgery (spine 1) 93:77-84, 2000” (Ulusal)

4 – The IInd world congress of perinatal medicine for developing countries and VIIIth national perinatology congress. Poster Birinciliği. 1-5 Ekim 2002, Antalya: “Solaroğlu A, Solaroğlu İ, Kaptanoğlu E, Dede S, Tan O, Beşkonaklı E, Haberal A, Kılıç K: Erythropoietin prevents ischemia-reperfusion induced oxidative damage in fetal rat brain” (Uluslararası)

5 – Türk Nöroşirurji Derneği, Hamit Ziya Gökalp Genç Nöroşirurjiyen Araştırma Ödülü İkinciliği, Türk Nöroşirürji Derneği 17. Bilimsel Kongresi, 20-24 Mayıs, Belek-Antalya, 2003: “Kaptanoğlu E, Palaoğlu S, Surucu S, Hayran M, Beskonaklı E: Ultrastructural scoring of acute spinal cord injury in the rat. J Neurosurg (Spine 1) 97:49-56, 2002” (Ulusal)

6 – IX. Ulusal Perinatoloji Kongresi: Poster İkinciliği. 26-30 Ekim 2003, Ankara: “Solaroğlu İ, Solaroğlu A, Okutan Ö, Kaptanoğlu E, Sürücü SS: Magnesium sulphate exerts neuroprotective effect on germinal neuroepithelium (multipotent neural stem cells) after experimental transient intrauterine ischemia.” (Ulusal)

7 – Türk Nöroşirurji Derneği, Yıldız Yalçınlar Bilimsel Araştırma Ödülü, Türk Nöroşirürji Derneği 18. Bilimsel Kongresi, 22-26 Mayıs, Kemer-Antalya, 2004: “Okutan O, Kaptanoğlu E, Solaroğlu I, Beşkonaklı E, Tekdemir I: Determination of the Length of Anteromedial Screw Trajectory by Measuring Interforaminal Distance in the First Sacral Vertebra. Spine. 2004 Aug1; 29(15):1608-1611.” (Ulusal)

8 – Turkish Spine Society, 7th International Congress on Spine, April 14-17, 2005 in Antalya-Turkey, Best Poster Award: “Kaptanoğlu E, Okutan O, Solaroğlu I, Beşkonaklı E: Transiliac anterolateral instrumentation of the fifth lumbar vertebra: E new surgical approach” (Uluslararası)

9 – Türk Nöroşirurji Derneği, Yılın Bildirileri, En İyi İkinci Bildiri: “Kaptanoğlu E, Palaoğlu S, Okutan O, Solaroğlu I, Kılınc K: Deneysel omurilik yaralanmasında melatonin ve melatonin reseptörlerinin kaspaz-3 bağımlı apopitoz ve nötrofil infiltrasyonu üzerine etkileri.” Türk Nöroşirürji Derneği 19. Bilimsel Kongresi, 27-31 Mayıs, Kemer-Antalya, Özet Kitabı Sayfa: 23, 2005 (Ulusal)

10 – Türk Nöroşirurji Derneği 2006 yılı Hamit Ziya Gökalp Genç Nöroşirurjiyen Araştırma Ödülü İkinciliği, Türk Nöroşirürji Derneği 20. Bilimsel Kongresi, 28 Nisan-2 Mayıs, Belek-Antalya, 2006: “Kaptanoğlu E, Solaroğlu I, Surucu HS, Akbıyık F, Beşkonaklı E: Blockade of sodium channels by phenytoin protects ultrastructure and attenuates lipid peroxidation in experimental spinal cord injury. Acta Neurochir (Wien) 147(4):405-12 (2005)” (Ulusal)

11 – Türk Nöroşirurji Derneği 2009 yılı, Dr. Mahir Tevruz Bilimsel Araştırma Ödülü “A neurosurgical view of anatomical evaluation of anterior C1-C2 for safer transoral odontoidectomy” Kağan Tun, Erkan Kaptanoğlu, Berker Cemil, S. Tuna Karahan, Ali Fırat Esmer, Alaiddin Elhan . (Ulusal)

12 – Türk Nöroşirurji Derneği 2009 yılı Dr. Yıldız Yalçınlar Bilimsel Araştırma Ödülü “Ultrastructural evaluation of pulsed radiofrequency and conventional radiofrequency lesions in rat sciatic nevre” Kağan Tun, Berker Cemil, Ahmet Gürhan Gürçay, Erkan Kaptanoğlu, Mustafa F. Sargon, İbrahim Tekdemir, Ayhan Cömert, Yücel Kanpolat. (Ulusal)

13 – Türk Nöroşirurji Derneği 2011 yılı Hamit Ziya Gökalp Genç Nöroşirurjiyen Araştırma Ödülü Üçüncülüğü ödülü ”An attemp to treat patients who have injured spinal cords with intralesional implantation of concentrated autologous bone marrow cells” Ayhan Attar, Murat Ayten, Mevci Özdemir, Enver Özgencil, Melih Bozkurt, Erkan Kaptanoğlu, Meral Beksaç, Yücel Kanpolat. (Ulusal)