Prof. Dr. Erkan Kaptanoğlu, 1990 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden mezun oldu. İntörnlüğünü İngiltere’de 6 ay süre ile Peterborough District Hospital ve Lincoln County Hospital’de tamamladı. 1992 yılında Ankara Numune Hastanesinde Nöroşirurji ihtisasına başladı. Dört yıl süre ile katıldığı EANS kurslarını (EANS training courses), Eylül 1996’da tamamladı ve Avrupa Nöroşirurji Bord Sınavı yazılısını (the European Board of Neurosurgery written exam) geçti. Nöroşirurji ihtisasını 1997 yılında tamamlayarak, Beyin ve Sinir Cerrahisi uzmanı oldu. 1996 yılında kendi imkanları ile bir ay süre ile Montreal Nörolojik Bilimler Enstitüsüne gitti. Buradan Toronto ziyaretinde Prof. Dr. Charles Tator ile tanıştı. Daha sonra Little Rock Arkansas’a giderek kısa süreliğine Dr. Glen Pait ve Prof. Dr. Gazi Yaşargil’i ziyaret etti.
Uzman olduktan hemen sonra, aynı hastanede başasistan pozisyonuna atandı. 2010 yılına kadar görev yaptığı bu hastanede kranial, spinal, pediatrik, travma ve vasküler nöroşirurji gibi kompleks vakaların operasyonlarını bizzat yaptı ve yönetti. Kompleks spinal cerrahi ameliyatlarının geliştirilmesi için Ankara Üniversitesi Anatomi Anabilim Dalında ve Ankara Üniversitesi ve Hacettepe Üniversitesi araştırma laboratuarlarında çalıştı.
Toronto Üniversitesi Tıp Fakültesinde, 1998-1999 tarihlerinde, Prof. Dr. Charles Tator ile “research fellow” olarak “omurilik yaralanması ve omurilik rejenerasyonu” çalıştı. Orada yaptılğı çalışmalarda omurilik rejenerasyonu ve yaralanmış omuriliğin periferik sinir greftleri ile köprülenmesi araştırmalarını yürüttü. Türkiye’ye döndükten sonra Ankara Numune Hastanesinde yoğun cerrahi klinik pratiğini sürdürürken, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nde İleri Nörolojik Bilimler doktorasına 2000 yılında başladı. Doktorası süresince özellikle omurilik yaralanmasında nöroproteksiyon konusunda doku ve hayvan çalışmaları yaptı. Tezini tamamlayarak 2005 yılında Bilim Doktoru (PhD) ünvanını aldı.
Bundan sonra, yaptığı cerrahi vakalar, klinik, kadavra ve laboratuar çalışmaları, akademik toplantılar, verdiği dersler ve konferanslar hayat boyu süren eğitiminin bir parçası olmuştur.
