Prof. Dr. Erkan Kaptanoğlu 1990 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesinden mezun oldu. İntörnlüğünü İngiltere’de tamamladı. Mecburi hizmetini tamamladıktan sonra, Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde Beyin ve Sinir Cerrahisi asistanlığını kazandı. Uzmanlık tezini 1995 yılında Hacettepe Üniversitesi araştırma laboratuarlarında “Omurilik yaralanmasında nöral koruma” üzerine yaptı. İhtisasını 1997 yılında tamamlayarak uzman oldu ve Başasistanlığa atandı. Sağlık bakanlığı bursu kazanarak, 1998-1999 tarihlerinde, Kanada’da Toronto Üniversitesinde, Prof. Dr. Charles Tator ile bir yıl süre ile “omurilik yaralanması ve omurilik rejenerasyonu” konusunda çalıştı. Kanada dönüşü 1999 yılında, Sağlık Bakanlığı tarafından, Sahra Hastanesi kurmak ve Kızılay ile birlikte çalışmak üzere, iki ay süre ile Hakkari ili Şemdinli ilçesinde görevlendirildi.
2004 yılında Nöroşirurji Doçenti oldu. 2000-2005 yılları arasında, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nde İleri Nörolojik Bilimler doktorasını tamamlayarak 2005 yılında Bilim Doktoru (PhD) ünvanını aldı. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesinde Nöroşirurji ve Hematoloji Klinikleri ile birlikte insan omurilik yaralanmasında otolog kök hücre tedavisi projesine katıldı. 2009 yılında çalışmakta olduğu Ankara Numune Hastanesinde 1. Nöroşirurji Kliniği Şef Yardımcılığına atandı.
2010 yılına kadar görev yaptığı Ankara Numune Hastanesinde, hasta yoğunluğu nedeniyle pek çok çözüm bekleyen kompleks vaka ile karşılaştı. Kranial (beyin), spinal (omurga-omurilik), pediatrik (çocuk), travma ve vasküler (damar) nöroşirurji gibi kompleks vakaların operasyonlarını yönetti ve eşlik etti. Kompleks spinal cerrahi ameliyatlarının geliştirilmesi için Ankara Üniversitesi Anatomi Anabilim Dalı laboratuarlarında, Ankara Üniversitesi ve Hacettepe Üniversitesi laboratuarlarında akademik araştırmalarını sürdürdü. Dr. Kaptanoğlu’nun yaptığı bilimsel, laboratuvar ve anatomik çalışmaları süresince klinik ve temel bilimler öğretim üyelerinden pek çok meslekdaşı ile ortak çalışma yürüttü. Bu tecrübelerinin cerrahi pratiğine ve kliniğe çok katkısı olmuştur.
İlk araştırma projesini 1995 yılında asistanlığı esnasında rotasyonda bulunduğu Hacettepe Üniversitesinde omurilik yaralanması tedavisi üzerine yaptı. Bundan sonra deneysel araştırmalarına hep devam etti. Özellikle omurilik yaralanması ve spinal cerrahi anatomi araştırmaları ile pek çok ödül kazandı.
Yaptığı araştırmaları uluslararası ve ulusal 100’ün üstünde makale ve 50’nin üstünde kitap ve kitap bölümü olarak yayınlanmıştır. Ulusal ve uluslararası pek çok kurs ve toplantıda eğitmen ve konuşmacı olarak davet edilmektedir.
2010 yılında Yakındoğu Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesini, Hacettepe Üniversitesi rehberliğinde kurmak üzere Kıbrıs’a gitti ve Profesörlüğe atandı. 2010-2015 yılları arasında KKTC’de Yakın Doğu Üniversitesi Nöroşirurji Anabilim Dalı Kurucu Başkanı ve Yakın Doğu Üniversitesi Hastanesi Kurucu Başhekim Vekili görevlerinde bulundu.
2015 yılında Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroşirurji Anabilim Dalına atandı ve Anabilim Dalı Başkanlığına seçildi. Aynı tarihlerde atandığı Nörolojik Bilimler Enstitüsü Müdürlüğü görevlerini üstlendi. 2019 yılında emeklilik süresinin dolması üzerine, sürdürmekte olduğu Nörolojik Bilimler Enstitüsü Müdürlüğü ve Tıp Fakültesindeki Öğretim Üyeliği görevlerinden emekli olarak ayrıldı. Marmara Üniversitesinde bulunduğu süre içersinde kranial hastalardan gliomalar, meningiomalar ve hipofiz adenomları başta olmak üzere beyin tümörleri, beyin kanamaları, parkinson hastalığı, travma ve vasküler nöroşirurji gibi kompleks vakaların operasyonlarını yönetti ve eşlik etti. Skolyoz ve kifoz gibi spinal deformite cerrahisi, torakoskopik spinal cerrahi ve sakrum tümörleri cerrahisi gibi kompleks spinal cerrahi vakalarının ameliyatları ile araştırma çalışmalarında bulundu. Bunun için anatomik çalışmalar yanında, omurilik yaralanmasında kök hücre tedavisi ve rejenerasyon konusunda da deneysel çalışmalar ve laboratuvar araştırmaları yaptı.
Türk Nöroşirurji Dergisi ve Turkish Neurosurgery dergilerinde, Türk Nöroşirurji Derneğinin çeşitli organlarında ve gruplarında üye ve yönetici olarak çalıştı. 2019-2020 yılları arasında yarı zamanlı öğretim üyesi olarak Başkent Üniversitesinde bulundu. Halen özel kliniğinde, ulusal ve uluslararası akademik çalışmaları ile klinik pratiğini ve ameliyatlarını sürdürmektedir.
